Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu'nun iptal başvurusunu değerlendiren mahkeme, "Küçüklerin kanuni temsilcilerinin talebine bağlı olduğu yaz Kur'an kurslarının, sekiz yıllık zorunlu ve kesintisiz laik eğitim ve öğretim faaliyetini engellemesinin söz konusu olmadığı açıktır." dedi. Karara, Fulya Kantarcıoğlu, Mehmet Erten, Cafer Şat ile Zehra Ayla Perktaş karşı oy kullanarak, yasanın Anayasa'nın laiklik ilkesine aykırı olduğunu savundu. 

Danıştay İdari Dava Daireleri Kurulu, 633 sayılı Diyanet İşleri Başkanlığı'nın Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun'a 1999 yılında eklenen Ek Madde 3'ün birinci fıkrasının üçüncü tümcesindeki ''İlköğretimin 5. sınıfını bitirenler için tatillerde ve Milli Eğitim Bakanlığı'nın denetim ve gözetiminde yaz Kur'an kursları açılır.'' ibaresi ile ''Kur'an kurslarının açılış, eğitim öğretim ve denetimleri ile bu kurslarda okuyan öğrencilerin barındığı yurt veya pansiyonların açılış ve çalışmalarına dair hususların yönetmelikle düzenleneceğini'' öngören ikinci fıkrasının Anayasa'ya aykırı olduğunu ileri sürerek, Anayasa Mahkemesi'ne başvurmuştu. Talebi reddeden Anayasa Mahkemesi'nin, gerekçeli kararında şunlar kaydedildi: "Yaz Kur'an kurslarını açacak olan Diyanet İşleri Başkanlığı, Başbakanlık'a bağlı anayasal bir kuruluştur. Yasa koyucunun Anayasa'ya aykırı olmamak koşuluyla düzenleme yapması yasama yetkisi içinde bulunduğundan, mahkeme kararlarına konu olmuş alanlarda da bu yetki geçerlidir. Açıklanan nedenlerle, itiraz konusu kural, Anayasa'nın Başlangıç'ı ile 2., 24., 42., 138. ve 174. maddelerine aykırı değildir. İptal isteminin reddi gerekir.''